Кордон - Здесь начинается действие игры. Своего рода Кордон — предбанник Зоны, дорога в её глубины. В основном, здесь собираются новички или сталкеры из глубокого рейда. Совсем недалеко Периметр — с Кордона ещё можно вернуться назад. Территория находится под присмотром военных. В одной из заброшенных деревень можно найти лагерь, где опытные сталкеры натаскивают «зелёных» напарников. Главный там Волк. Неподалёку располагается бункер, где живёт торговец Сидорович. Из примечательных мест, кроме выше перечисленных, можно отметить лишь старый АТП, где регулярно выясняют отношения сталкеры с бандитами, и блокпост у железнодорожного моста. На равнинах Кордона обитают небольшие стаи слепых псов, стада плотей и кабанов. Радиационный фон нормальный, изредка встречаются недорогие артефакты.

Свалка - Следующая после Кордона территория, своеобразный перекрёсток дорог. Место захоронения заражённой техники после аварии 1986 года. На юго-востоке расположен небольшой лесок, переходящий в аномальное болото. На востоке очень радиоактивная низменность, место обитания кабанов. В центре локации находится железнодорожное депо, предмет постоянных притязаний бандитов. Новички и уставшие сталкеры подвергаются постоянными их нападениями. Радиационный фон повышен на значительной территории, особенно на кладбище техники и кучах радиоактивного мусора, однако в них можно найти много недорогих артефактов. По мере прохождения, локацию заселяют стаи псевдособак.

НИИ «Агропром» - Территория бывшего института, объект внимания военных. Территорию фабрики постоянно делят сталкеры и бандиты. На западе расположено небольшое озеро, забитое останками техники. На юге в лесу обитают матёрые кабаны, на равнинах псевдособаки и кровососы. Радиационный фон заметно повышен на некоторых территориях. В аномальных зонах можно найти множество недорогих артефактов, встречаются и неплохие экземпляры, но очень редко.

Подземелье НИИ «Агропрома» - Небольшой лабиринт под землёй, остаток бывшего исследовательского комплекса. В его туннелях находится тайник Стрелка. У выхода на поверхность обосновали свой лагерь бандиты. Радиационный фон в пределах нормы, однако, повсеместно встречаются аномалии типа «Холодец» и «Электра». В глубинах подземелья находится контролёр. Также ходят слухи что есть выход из подземелья ведущий прямо на базу вояк, который они охраняют. Ну и любому кто туда сунется, стоит бояться не только вояк и контролера, а и кровососов которые любят там поохотиться. Ходят слухи, что в подземелье водятся бюреры, однако точных данных нет.

Тёмная Долина - Довольно странное место. Здесь довольно тихо, однако заброшенные здания в Долине облюбовали бандиты под предводительством Борова. Радиационная обстановка, в целом, нормальная, хотя в отдельных местах сильно «фонит». Весьма много разнообразных аномалий. Внимательный сталкер имеет шанс найти здесь дорогие и полезные артефакты. На переходе к кордону группа сталкеров облюбовала себе под убежище бывшую ферму. Повсеместно встречаются кабаны и плоти, на равнине к востоку можно встретить уникальную особь кровососа.

Лаборатория X-18 - Очень жуткое место. Здесь необходимо спуститься довольно глубоко под землю в помещение лаборатории, где надо найти трупы двух учёных, у которых находятся секретные коды для разблокировки дверей лаборатории, без открытия которых игрок не пройдет дальше. Монстров практически нет, за исключением псевдогиганта, пары снорков и полтергейстов, которые воздействуют на окружающие предметы, поднимая их в воздух и швыряя в игрока. Зато атмосфера страха реализована превосходно: во всей лаборатории царит полная тишина, нарушаемая лишь каким-то скрежетом и отдаленным топаньем монстров. В середине локации в обширном зале игрок находит псевдогиганта. В зале c документами летает огненный полтергейст. После того, как документы будут забраны, игроку необходимо самому найти выход из лаборатории, пройдя эту же дорогу назад.

Бар «100 Рентген»- Часть территории завода «Росток», контролируемая группировкой «Долг». Это своего рода оазис Зоны, безопасное место без аномалий и мутантов, где можно спокойно отдохнуть, закупить снаряжение, попробовать свои силы в боях на Арене или получить новые задания. Главный в баре мужик с символичной кличкой Бармен. Он действительно бармен в заведении, а по совместительству ещё и торговец.

Дикая Территория - Ещё одна часть территории завода «Росток»; по всей видимости, что-то вроде промышленного вокзала. Хорошо вооружённые наёмники, являющиеся основным «населением» локации, представляют серьёзную опасность для сталкера-новичка. В отдельных местах наблюдаются скопления аномалий «Жарка» и «Электра»; «Жаркой» образованы почти все местные артефакты. Радиационный фон значительно повышен внутри ряда сооружений. По мере прохождения локация наполняется разными видами существ, что оправдывает её название.

Озеро Янтарь - Долина на месте пересохшего озера. Здесь располагается небольшой мобильный лагерь учёных и строения одного из заброшенных НИИ. Значительная часть территории находится под интенсивным пси-излучением, и по всей долине бродят агрессивные зомби и снорки. Аномалии и открыто лежащие артефакты почти не встречаются, однако внимательный осмотр тайников может щедро вознаградить удачливого сталкера. При подъёме на холмы есть риск влезть в зону повышенной радиации.

Лаборатория X-16 - Секретная лаборатория под заброшенным заводом близ Янтарного озера. Там находится установка в виде огромного мозга в ёмкости, генерирующая пси-поле. Встречаются снорки, контроллёр и большое количество зомбированных сталкеров.

Военные Склады- В первую очередь примечательны тем, что здесь находится база группировки «Свобода». Собственно склады занимают лишь небольшую часть локации (там и находится база анархистов); кроме них, здесь есть небольшая деревенька, которую с грехом пополам делят несколько людей «Свободы», отправленных на разведку, и стайка кровососов. На востоке располагается небольшое радиоактивное болотце, с одной стороны окружённое минным полем. Проход к старой РЛС, более известной как «Радар» или «Выжигатель Мозгов», охраняется блокпостом «Свободы» — здесь заканчивается относительно безопасная периферия и начинается север Зоны. Аномалий не слишком много, кроме того, иногда попадаются дорогие и полезные артефакты. На окраине можно встретить сумасшедшего сталкера.

Радар - Выжженная земля. Здесь зрение становится монохромным, начинаются галлюцинации в виде монстров. Сектанты из клана «Монолит» и высокий уровень радиации сильно затрудняют продвижение. Радар также именуется «Выжигателем Мозгов»: от комплекса антенн, находящегося на локации, исходит сильное психотропное излучение. За некоторое время оно может выжечь человеку мозги и превратить его в зомби. На монолитовцев излучение не действует. Часть локации занимает так называемый Мертвый лес с большим количеством монстров.

Лаборатория X-10 - Поистине страшное место. Тут сыро и царит полумрак — излюбленное место кровососов, коих здесь очень много. Где-то здесь находится аварийный выключатель «радара», однако найти его в мрачных лабиринтах лаборатории не так-то просто.

Припять - Город существует в реальной жизни. Как в игре, так и в жизни бывший город энергетиков заброшен. В игре он относится к центру Зоны, а следовательно, из людей там остались только «монолитовцы». Город сделан по реальным снимкам Припяти и многие места хорошо проработаны, однако город в игре находится строго южнее ЧАЭС, тогда как в реальности он северо-западнее. В игре город сыграет косвенное значение, через него надо будет просто прорваться к станции. В городе неблагоприятный радиационный фон, много аномалий и присутствуют артефакты. Мутантов практически нет. В игре фон, правда, уменьшен.

ЧАЭС (Саркофаг, Монолит) - Через люк игрок проникает внутрь саркофага. Здесь темно и царит тишина, Периодически раздается мощный голос Монолита, который зовет Сталкера словами: «Твой путь завершается, иди ко мне…». Здесь прячутся сектанты «Монолита» в экзоскелетах, поэтому придется приложить немало сил. В секретном помещении под реактором можно достать патроны и экзоскелет, однако, радиация в этом месте очень высокая. Пройдя к Монолиту, можно обнаружить одну из пяти так называемых «ложных» концовок (выбор происходит в зависимости от результатов прохождения игры).

ЧАЭС (Саркофаг, установка управления Монолитом) - Если игрок отказывается идти к Монолиту и в предыдущих локациях игры успешно выполнил ряд сюжетных заданий, он может попасть в секретную лабораторию за помещением реактора ЧАЭС. Там, преодолев сопротивление «монолитовцев», игрок находит установку, которая обеспечивает работу Монолита. Разбивая энергетические модули, игрок нарушает работу системы и вызывает «дух» Монолита, с которым ведет разговор. Монолит открывает свою истинную сущность: в действительности, это оказалась группа учёных «О-Сознание», ставящих эксперименты по связи с ноосферой — информационным полем Земли. На вопрос Стрелка «Что теперь?» Монолит отвечает, что у него есть два пути: он может присоединиться к ним, либо не присоединиться, но в противном случае Монолит предупреждает о возможной нестабильности зоны после разрушения установки для связи с ноосферой. Здесь игроку открывается первая «истинная» концовка.

Мёртвый Город - Из игры вырезан, в «Чистом Небе» его прототип как заброшенного города — Лиманск (хотя МГ и остался на карте). Ресурсы Мёртвого Города были использованы в Лиманске (например, фонтан недалеко от центра МГ имеется и в Лиманске). Очертания на карте Зоны присутствуют. Довольно маленький городок к западу от Военных Складов, в нём жили энергетики, не имевшие дома в Припяти и Чернобыле. Понятно, Мёртвый Город вымышлен. По задумке разработчиков, там должны были находиться базы бандитов и наёмников. Играбелен в билде 1935, где показывает себя во всей красе, хоть и чаще всех других локаций вылетает. В МГ есть канализация, по которой игрок должен был удирать от наёмников с их базы.