В первой части, у Себастьяна Кастелланоса погибла при пожаре дочь Лили и пропала безвести жена, Мира. Из депрессии его вытаскивает друг Джозеф Од, который пристраивает его на работу детективом. Расследуя дело о массовом убийстве в псих лечебнице "Маяк" он выясняет, что там велись эксперименты над людьми по созданию управляемого населения. Секретная научная организация "Мёбиус", создав программу СТЭМ, погружала людей в сон разума, стирая память.
Но внутри СТЕМ власть захватил амбиционный молодой учёный, Рубен (он же Рувик) и превращал сознание людей в подобие управляемых зомби. Кастеланос с друзьями погрузился в СТЕМ и навёл там порядок. Рувик побеждён, но возможно он сбегает в реальный мир, переселив своё сознание в тело мальчика Лесли. Выйдя из сна разума, Себастьян Кастелланос хочет закрыть проек СТЕМ, но не может. Тогда он уходит из полиции и заливает горе спиртным.
В начале второй части игры, через три года после выхода из Маяка, его находит давняя напарница, помогавшая ему в первой части, Джули Кидман. Она сознаётся, что работает на Мёбиус и следит за Кастелланосом. Но теперь в Мёбиусе зреет заговор.
Она рассказывает Кастелланосу, что для устойчивости, в СТЭМ было внедрено ядро. Это ядро позволяет надёжно контролировать всех, впавших в сон разума. И этим ядром является его дочь. Она не погибла. Её похитила по заданию Мёбиуса, Эсмеральда Торрес. При этом она сожгла дом, эмитируя гибель людей. Нашлась и жена Себастьяна Кастелланоса - Мира Кастеланос. Все они находятся в городке Юнион, созданном генератором СТЭМ. Но самое страшное, что его дочь Лили став ядром системы СТЭН, полностью подчинилась кому-то внутри СТЭМ. С её сигналами могут справиться только сотрудники Мёбиуса, которым вживлён специальный чип. И кто-то планомерно убивает этих сотрудников.
"Мёбиус" предлагает Себастьяну сотрудничество. Нужно проникнуть в жуткий погибающий город Юнион, где даже сам воздух соткан из ужаса, и за каждым углом поджидает смертельная опасность. Но это последний шанс все исправить. СТЭМ генерирует образ маленького городка Юнион в стиле 50х-60х годов прошлого века. Генерирует с ошибками, этот искаженный мир разваливается на части. В поисках своей дочери, Себастьян Кастеланос соглашается погрузиться в сон разума и попадает в разорванный Юнион.
Игра продолжительная и напряжённая. Требует большой расчётливости и правильного выбора усовершенствований. Если пройти её до конца (на максимальной сложности это сделать очень трудно), то научная организация "Мёбиус" будет разгромлена. Но в финальном видео показано, что генератор проекта СТЭН вновь включается в секретном бункере Мёбиуса. Это намёк на продолжение. Возможно готовится к выходу третья часть серии "Зло внутри".