Судно было заложено в конце 1860 года на верфи в Новой Шотландии. Первым капитаном корабля был Роберт Маклеллан. В ходе первого рейса, состоявшегося в 1861 году, Маклеллан неожиданно тяжело заболел и «Амазонка» вернулась в Шотландию, где Маклеллан умер. Следующим капитаном стал Джон Наттинг Паркер и «Амазонка» возобновила путешествие, в ходе которого сначала налетела на рыболовное снаряжение, а затем в Ла-Манше налетела на бриг и потопила его. Далее капитаны менялись как перчатки: в 1863 году Уильям Томпсон ("Амазонка" попала в шторм и была выброшена на берег); в 1868 году Ричард Хэйнс (зарегистрировал корабль новым названием "Мария Целеста"; в 1872 году Бенджамин Бриггс.
Под его командованием 5 ноября 1872 года судно вышло в плаванье. Судно было обнаружена спустя четыре недели, 4 декабря бригом "Деи Грация", под командованием капитана Дэвида Рида Морхауза, лично знавшего Бенджамина Бриггса. Корабль был покинут командой: ни одного человека, ни живого, ни мёртвого, на борту не было.
Версий по итогам расследования было несколько: пиратство, страховое мошенничество, цунами, взрыв, вызванный парами от груза, эрготизм от загрязнённой муки, из-за которого команда сошла с ума, мятеж и несколько сверхъестественных объяснений.
Существует также версия, что экипаж добрался до побережья Испании, где в 1873 году обнаружили несколько шлюпок с неизвестного корабля и несколько неопознанных трупов в них.
Далее судно было отремонтировано и использовалось ещё в течение 12 лет. В августе 1884 года его капитаном стал Гилман Паркер. 3 января 1885 года корабль налетел на рифы у берегов Гаити и окончил своё существование.