Сюжетный режим:

Сюжет "Lost to the Zone" был добавлен в обновлении 1.5 и имеет три ветки:
Часть 1: Живая легенда: знаменитый сталкер вернулся в Зону. Преследуйте его, чтобы получить доступ к его бесценным знаниям.
Часть 2: Смертельный грех: зловещая фракция выходит из тени, чтобы установить контроль над зоной. Вы один из немногих, кто может им помешать.
Часть 3: Операция "Послесвечение": Зона привлекает очень много внимания. Тем не менее, некоторые люди считают, что многим ее секретам лучше остаться в тайне.
Добавлен бонусный сюжет:
Часть 4: Пустые границы: сыграйте в качестве члена иностранной группировки, чтобы исследовать и раскрыть секреты Зоны.
В дополнение, вы можете помочь своей фракции и выполнить ее сюжетные ветки (Квесты от DRX).
Почти все задания перед выдачей будут предлагать вам подробную информацию, об их целях, в дополнение к новым типам заданий, призванным занять игрока.
Каждая ветвь сюжета будет открывать бонусную фракцию для игрока.
Новый набор достижений также был добавлен в игру.

Атмосфера:

Каждый уровень игры был переработан, чтобы помочь передать ощущение заросшей и относительно нетронутой зоны.

Система погоды была улучшена и расширена, чтобы предложить разнообразие и возможность прочувствовать атмосферу Зоны.

Был добавлен новый редактор погоды, предлагающий интерактивный графический интерфейс и возможность создавать, изменять и сохранять пресеты погоды. Изменения погоды могут быть сделаны и просмотрены в режиме реального времени без каких-либо затрат.

Шейдеры и визуальные эффекты были значительно улучшены, например новый противогаз с эффектами преломления. Был улучшен tonemapping, отражения в воде, добавлены новые шейдеры на мокрой поверхности и многое другое.

A-Life:
Система A-Life была серьезно переработана. Начнем с того, что сталкеры теперь путешествуют чаще и докладывают о своей деятельности во всех частях Зоны.
Зона постоянно меняется, как и аномалии и мутанты в ней. Динамические предметы будут вокруг вас, даже в тех местах, в которых вы не ожидали их найти. Во время вашего путешествия исследуйте Зону внимательнее, и тогда вы сможете найти что-то полезное.
Специальные персонажи и обычные сталкеры будут предлагать вам больше уникальных задач, также были добавлены расширенные диалоги. Сталкеры могут продавать и покупать предметы у торговцев или даже посещать местных механиков, чтобы улучшить свое любимое оружие. Кроме того: Одиночки, Наёмники и некоторые другие фракции смогут предложить вам услуги сопровождения за определенную плату. Многие специальные персонажи также имеют связи по всей Зоне: вы можете предложить им денег, чтобы подкупить вражескую фракцию, временно не давая им атаковать в поле зрения.
Система маскировки была улучшена. Ваше снаряжение и поведение влияют на то, как другие сталкеры наблюдают за вами и запоминают.
Ваш ранг и репутация имеют значение. Очень высокие или низкие значения соответственно привлекут внимание, возможно, даже ваших врагов.

Война группировок:
Война группровок включена в Anomaly как дополнительный режим. Он моделирует конфликт между различными фракциями в динамике Зоны.
Режим позволяет игроку взять под контроль свою фракцию. Это делается в режиме реального времени, и игрок сможет выбрать между возможностью управления экспансией группировки в качестве полководца или обычного бойца. При переключении между режимами система адаптируется ко всем захваченным вами базам.
Благодаря симуляции боев в оффлайне отряды могут самостоятельно вступать в противостояние с отрядами группировок противников, и благодаря этому Зона будет гораздо более динамичной, и даже в дальних уголках карты будет бушевать крупномасштабная война.
Для режима войны группировок была добавлена ​​специальная вкладка PDA, позволяющая игроку отслеживать прогресс каждой фракции в Зоне.

Инвентарь:
В инвентарь были добавлены дополнительные слоты для предметов экипировки.
В систему предметов было внесено множество изменений: отныне все устройства работают от своих собственных батарей.
Рюкзаки очень важны и увеличивают максимально возможный переносимый вес персонажа. Количество болтов — наших главных помощников при пересечении полей аномалий было ограничено на максимальной сложности игры.
Костюмы и оружие были переработаны и дополнены уникальными характеристиками и особенностями. Прицелы оружия и прицелы получили большую переработку, в дополнение к новым анимационным эффектам и колесу боеприпасов: простой графический интерфейс для быстрой смены типа боеприпасов.
КПК, найденные на трупах, можно прошерстить на предмет интересных сообщений. Сообщения, связанные с мертвым сталкером, могут быть обо всем, ищите любую важную информацию, которую сможете найти.
Доступны новые наборы налобных фонарей и КПК со специальными функциями. Кроме того, добавлены 3 новых устройства для квестов и повседневного использования:
Счетчик Гейгера теперь является детектором со своей собственной моделью, показывающим значение радиационного заражения на экране, или в игровом HUD при нажатии хоткея.
РФ-ресивер способен улавливать сигналы, поступающие от различных радиоисточников (в том числе и тайников). Ресивер вместе с устройством измерения аномалий также используются в различных заданиях.